根据《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》，综合保税区享有以下优惠政策:

(一)“一线”(综合保税区与境外之间的货物进出口):境外入区免证免税(保税)

1.免证:除法律、法规、规章另有规定的外，与境外之间进出的货物，不实行进口配额、许可证件管理。

2.免税:从境外进入的下列货物、物品免征进口关税和进口环节税:

（1）区内生产性基础设施建设项目(生产厂房、仓储设施等)所需机器、设备、基建物资;

（2）区内企业生产所需机器、设备、模具及其维修用零配件;

（3）区内企业自用合理数量的办公用品。

从区内运往境外的货物，除法律、法规另有规定的外，免征出口关税。

3.保税:除上述减免税货物以及征税货物(区内自用的交通运输工具、生活消费用品等)外的其他进口货物予以保税。

(二)“二线”(综合保税区与境内区外之间的货物进出区，两个综合保税区之间或者综合保税区与其他特殊区域以及保税监管场所之间的货物进出区):境内(区外)入区退税

1.从境内进入综合保税区的货物，视同出口，实行退税。

2.供区内企业开展业务用的国产货物及其包装物料，实行退税。

3.供区内企业使用的国产基建物资、机器设备、管理设备、办公用品等，实行退税。

4.出区检测、维修的机器、设备在区外更换的国产零配件或附件，实行退税。

(三)生产用原材料入区免税(退税)

区内企业采购自境内区外用于生产出口产品的部分国产原材料(清单内)，涉及出口关税的，入区不征收出口关税。

涉及已取消出口退税的，入区时予以退税。

(四)区内交易免税

1.综合保税区区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。

2.区域间以及区域与场所间流转不征关税和增值税。

(五)保税加工限制少

除高耗能、高污染和资源性产品等不符合国家产业政策发展要求的产品，以及其他列入加工贸易禁止类目录的商品外，区内企业开展保税加工业务不受限制。

不实行加工贸易银行保证金台账管理、合同核销制度和单耗标准管理。

(六)保税仓储无期限限制

区内仓储货物不设存储期限。

(七)进出货物结算方便

进出综合保税区(境内区外)的货物，用外币或人民币都可以结算。

(八)享受更多税收优惠政策

经批准或授权后，还可以享受以下税收政策：

1.选择性征收关税政策。区内企业生产、加工并销往区外的保税货物，企业可以选择按其对应进口料件或者按实际报验状态缴纳进口关税;

2.跨境电子商务零售进口税收政策。区内企业开展跨境电子商务网购保税进口业务可以享受跨境电子商务零售进口税收政策;