综合保税区事务中心内设综合部、投资发展部、建设部、保税与口岸业务部（运营部）4个部门。其职责分别是：
综合部：负责综保区事务中心人事、财务、文书、接待、宣传、考勤、文字综合、机构编制、目标考核、工资福利、督察督办、国有资产管理、信息管理、档案管理、后勤管理、纪检监察、党建、群团、信访、党风廉政建设等工作。
投资发展部：负责招商政策研究及招商政策的落实、监督，招商计划、措施制定；负责招商活动策划、组织、招商信息收集、投资项目洽谈；负责综合保税区有关政策、法律和投资环境咨询，入区企业落地服务等工作。
建设部：负责项目进地，提出并实施综保区总体规划、分区规划、控详规划；编制基础设施和建设项目中长期规划、年度计划；负责综保区投资项目的规划设计和报批，并协助投资单位做好规划设计、土地报批；负责供排水、供热、供电、供气等公用事业管路和环保、环境监测、环境监理及安全生产监管等工作。
保税与口岸业务部（运营部）：负责编制园区保税业务中长期规划和年度计划；负责海关特殊监管区域相关政策研究；负责保税加工、保税物流、保税服务以及相关保税业务的协调、指导、服务、监督等工作；负责综合保税区与航空、铁路和公路口岸通关事项的协调落实；负责进出口贸易数据统计和分析工作。